De la coupe à la carte : comment la technologie de transcriptomique spatiale Visium redéfinit la vision du tissu – Florence Boissière (ICM – Montpellier)

Florence Boissière-Michot (Unité de Recherche Translationnelle – Institut du Cancer de Montpellier)

Les technologies de transcriptomique spatiale ont marqué un tournant dans le domaine de la biologie en permettant l’analyse simultanée de l’expression génique et de la localisation cellulaire au sein de tissus intacts. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage qui nécessitent la dissociation des cellules, ces technologies préservent l’organisation spatiale des transcrits, offrant ainsi une vision intégrée des processus biologiques dans leur contexte histologique. Cette approche est particulièrement précieuse pour l’étude des maladies complexes, telles que les cancers, où l’hétérogénéité intra-tumorale, la plasticité cellulaire et les interactions dynamiques entre cellules malignes et microenvironnement conditionnent l’évolution de la maladie et la réponse thérapeutique.

Nous ciblerons notre présentation sur la technologie Visium Spatial Gene Expression, développée par la société 10x Genomics, qui permet la cartographie de milliers de gènes dans leur contexte morphologique, en lien avec l’imagerie histologique.

En particulier, nous examinerons les principaux atouts de cette technologie, parmi lesquels sa résolution spatiale, sa compatibilité avec divers types d’échantillons (notamment les tissus fixés et inclus en paraffine) et son potentiel d’intégration avec d’autres approches omiques. Nous évoquerons également ses limites et les points de vigilance, tels que les contraintes liées à la qualité des échantillons, les coûts expérimentaux et les défis bioinformatiques associés à l’analyse et à l’interprétation des données.

Pour illustrer ces points, nous présenterons un exemple concret d’application de cette technologie. L’accent sera mis sur les aspects techniques et méthodologiques essentiels pour garantir la robustesse des résultats : préparation rigoureuse des échantillons, optimisation des étapes de capture et de séquençage, ainsi que sélection des outils d’analyse adaptés. L’objectif de cette intervention n’est pas de détailler les résultats obtenus mais de fournir aux participants un retour d’expérience pragmatique pour maximiser la reproductibilité et la fiabilité de leurs propres études utilisant cette technologie innovante.