Programme scientifique

Le cil primaire (CP) est une véritable antenne exposée à la surface des cellules, capable de transmettre les signaux extracellulaires vers l’intérieur. Un dérèglement des fonctions du CP est à...

L’oreille est un organe sensoriel essentiel et complexe, impliqué dans l’audition et le maintien de l’équilibre. Elle est constituée de trois parties : l’oreille externe, qui capte les ondes sonores ; l’oreille...

Les maladies rhumatismales inflammatoires chroniques, telles que la polyarthrite rhumatoïde et l’arthrose, reposent sur des mécanismes cellulaires et moléculaires complexes au sein des tissus articulaires et péri-articulaires. Nos travaux visent...

L’étude histologique de l’interaction entre le parasite Schistosoma mansoni et son hôte intermédiaire le mollusque Biomphalaria glabrata repose classiquement sur des coupes sériées en paraffine. Cependant, il est impossible de...

La stimulation directe des nerfs du bras est une approche visant la restauration des fonctions dupoignet et des doigts, altérées à la suite d’une atteinte neurologique [1]. En pratique, la...

Les technologies de transcriptomique spatiale ont marqué un tournant dans le domaine de la biologie en permettant l’analyse simultanée de l’expression génique et de la localisation cellulaire au sein de tissus intacts. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage qui nécessitent la dissociation des cellules, ces technologies préservent l’organisation spatiale des transcrits, offrant ainsi une vision intégrée des processus biologiques dans leur contexte histologique. Cette approche est particulièrement précieuse pour l’étude des maladies complexes, telles que les cancers, où l’hétérogénéité intra-tumorale, la plasticité cellulaire et les interactions dynamiques entre cellules malignes et microenvironnement conditionnent l’évolution de la maladie et la réponse thérapeutique. Nous ciblerons notre présentation sur la technologie Visium Spatial Gene Expression, développée par la société 10x Genomics, qui permet la cartographie de milliers de gènes dans leur contexte morphologique, en lien avec l’imagerie histologique. En particulier, nous examinerons les principaux atouts de cette technologie, parmi lesquels sa résolution spatiale, sa compatibilité avec divers types d’échantillons (notamment les tissus fixés et inclus en paraffine) et son potentiel d’intégration avec d’autres approches omiques. Nous évoquerons également ses limites et les points de vigilance, tels que les contraintes liées à la qualité des échantillons, les coûts expérimentaux et les défis bioinformatiques associés à l’analyse et à l’interprétation des données. Pour illustrer ces points, nous présenterons un exemple concret d’application de cette technologie. L’accent sera mis sur les aspects techniques et méthodologiques essentiels pour garantir la robustesse des résultats : préparation rigoureuse des échantillons, optimisation des étapes de capture et de séquençage, ainsi que sélection des outils d’analyse adaptés. L’objectif de cette intervention n’est pas de détailler les résultats obtenus mais de fournir aux participants un retour d’expérience pragmatique pour maximiser la reproductibilité et la fiabilité de leurs propres études utilisant cette technologie innovante.

Comprendre et prédire le développement des cancers et la réponse aux traitements sont des enjeux cliniques majeurs qui peuvent avoir des conséquences économiques importantes sur notre système de santé. Dans...

La biologie spatiale regroupe aujourd’hui un ensemble de technologies permettant de mettre en lumière les relations cellules/cellules qui gouvernent l’architecture des tissus complexes. Il ne s’agit pas d’envoyer des souris...

Etude des interactions mitochondries-réticulum sarcoplasmique dans le muscle squelettique de truite par microscopie électronique à balayage par coupes sériées. Angelina Campagna1, Lucien Daunas2, Laurence Berry2, Jean-Charles Gabillard3, Vincent Ollendorff1 et...